SMA Kristen Kotamobagu adalah sebuah sekolah swasta yang resmi didirikan pada tanggal 25 Juli 1982. Sekolah ini berdiri di bawah naungan Sinode GMIBM dengan J. E. Oroh sebagai kepala sekolah pertama, sementara Z. Kiriman menjabat sebagai Ketua Yayasan Pendidikan Kristen (YPK) GMIBM yang pertama. Pada masa awal pendiriannya, SMA Kristen Kotamobagu menempati gedung di gereja tua yang terdiri dari tiga kelas, serta tiga kelas lainnya yang berada di SMP Kristen Kotamobagu.
Pada angkatan pertamanya, sekolah ini berhasil menarik 120 siswa yang didukung oleh tim pengajar yang terdiri dari 15 guru dan dibantu oleh 1 pegawai tata usaha. Sekolah ini menawarkan dua jurusan utama, yaitu Ilmu Pengetahuan Alam (IPA) dan Ilmu Pengetahuan Sosial (IPS), guna memberikan pilihan akademik yang beragam sesuai minat dan bakat siswa.
Seiring berjalannya waktu, SMA Kristen Kotamobagu terus berkembang dalam hal fasilitas, jumlah siswa, serta kualitas pendidikan yang diberikan. Dedikasi dari para pendiri dan seluruh komponen sekolah menjadi fondasi kuat dalam membangun generasi penerus yang berkualitas dan berintegritas.